Pigmen organik dan bukan organik dibezakan berdasarkan asal dan sifat kimianya.
Sumber: Pigmen organik diekstrak atau disintesis daripada haiwan, tumbuhan, mineral atau sebatian organik yang disintesis secara buatan. Pigmen bukan organik diekstrak atau disintesis daripada bijih, mineral atau sebatian bukan organik sintetik.
Sifat kimia: Molekul pigmen organik biasanya terdiri daripada struktur kompleks yang mengandungi karbon, dan warnanya ditentukan oleh struktur kimia sebatian organik. Molekul pigmen tak organik biasanya terdiri daripada unsur tak organik, dan warnanya ditentukan oleh sifat dan struktur unsur tersebut.
Kestabilan: Pigmen bukan organik biasanya lebih stabil daripada pigmen organik dan lebih tahan terhadap cahaya, asid, alkali dan haba. Pigmen organik mungkin rosak atau berubah warna dalam keadaan tertentu. Julat Warna: Disebabkan perbezaan dalam struktur kimianya, pigmen organik umumnya mempunyai julat warna yang lebih luas, membolehkan warna yang lebih terang. Pigmen bukan organik mempunyai julat warna yang agak sempit. Bidang aplikasi: Pigmen organik sesuai untuk pewarna, cat, plastik, kertas dan medan lain. Pigmen bukan organik digunakan secara meluas dalam seramik, kaca, pigmen, salutan dan bidang lain.

Perlu diingatkan bahawa kedua-dua pigmen organik dan bukan organik mempunyai kelebihan dan ciri tersendiri, dan pilihan pigmen mana yang akan digunakan bergantung pada keperluan aplikasi khusus dan kesan yang diingini.